「波波醫師」爭議，起源於《醫師法》修法過程中，法案原是希望對國外學生做嚴格認定，而小牙醫聯盟等團體指出，法案的附帶決議疑似在幫忙「開後門」，使更多波波醫師及牙醫師名額得以通過，而邱泰源也是當時讓法案通過的立委之一。
邱泰源今（15日）受訪表示，112年時，支持政府修法版本並全程捍衛該法案，對於有爭議的附帶決議，認為立委需要廣納人民意見，尊重同黨籍委員提出不同看法。此外，自己當時未提出任何附帶決議，而是基於協助的立場，將法案快速送出委員會，且當時身為醫學公會理事長，非常支持醫學系名額不能增加。
針對網傳截圖，邱泰源表示，站在政府立場，會致力了解各方聲音，關於群組的言論，「我們是支持所有台灣人民的健康」，從擔任立委到政府官員，最大訴求是讓醫療品質能維持、人民健康能得到照顧。他也透露，家人念的都是本土醫學系，沒有特別支持任何群體。
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